Рано потеряв родителей маленький Джейкоб Портман вырос под опекой дедушки Абрахама, каждый вечер рассказывавшего внуку удивительные истории о необыкновенном фантастическом острове. Расположенный там небольшой приют, которым заведует очаровательная мисс Перегрин, собрал вокруг добросердечной хозяйки несколько детей, обладающих сверхъестественными способностями. Некоторые из них могут из руки выпускать огонь и сами не боятся сгореть. Другие способны ходить по воде или находиться долгое время в водной стихии, не боясь отсутствия воздуха. Были дети, которые обладали телепатией, двигали взглядом предметы и читали чужие мысли. Сам старик, будучи мальчишкой, некоторое время провел в этом приюте. Полагая все рассказы доброго деда выдумкой, парнишка рос, не придавая им особого значения.
Прошло несколько лет и взрослый Джейкоб однажды получил взволнованное письмо от некоей мисс Перегрин с просьбой немедленно приехать, поскольку приюту нужна помощь. Странный обратный адрес оказывается реально существующим местом, но попасть в руководимое дамой учреждение можно только через портал, находящийся в глубине одной из пещер. Наконец дойдя до цели своего пути, герой узнает, что некие ученые, желавшие ставить опыты на детях, чтобы понять природу их необычных умений, создали опасные Пустоты, представляющие угрозу для существования этого закрытого мира. Только Джейк может их ликвидировать.