Мир к двадцать шестому столетию серьезно изменился, а технологии вышли на принципиально новый уровень. Три столетия назад «война Опустошения» едва не привело к уничтожению Земли и колонии на Марсе. Колыбель человечества лежит в руинах даже к 2563-ому, а более-менее состоятельные граждане предпочитают обитать а Айрон-Сити, удерживаемом в воздухе специальными двигателями. Бедняки теснятся в «Нижнем мире», напоминающем мусорную свалку с жалкими лачугами. Впрочем, уважаемый ученый Дайсон Идо периодически наведывается туда в поисках артефактов рухнувшей цивилизации. К нему в руки попадает девушка-киборг, представляющая особую опасность. Таких существ применяли в упомянутом конфликте, что закончилось плачевно. Соответственно, правительство ввело запрет на исследования в данном направлении.
Главный герой откровенно плевать хотел на мнение чиновников, потому тащит робота домой, где оборудован лаборатория, восстанавливает поврежденные детали и дает пробужденному существу имя погибшей дочки Алиты. Хоть «девушка» наделена самосознанием, но абсолютно полная амнезия мешает полноценно функционировать. Дайсон же всячески поощряет развитию подопечной. Запчасти ученому доставляет Хьюго, молодой парень испытывающий симпатии к Алите. Хотя санкционированных «Центурионов» используют в Айрон-Сити, нищебродам из Нижнего города даже банальный огнестрел запрещено хранить или тем более носить.