Фантастический сериал затрагивает момент ожесточенного противостояния между правительственными войсками Республики и мятежниками под предводительством деспотичного графа Дуку. Сепаратисты, поддерживаемые разными состоятельными криминальными авторитетами, уверенно чувствуют себя на поле боя. Чтобы помочь своей армии, Сенат дает указание ученым разработать идеальных солдат. В засекреченных бункерах начинается череда экспериментов, результатом которых является появление огромного количества сильных, послушных и выносливых клонов.
Искусственно созданные бойцы поступают в полное распоряжение командиров-джедаев. Но в партии идентичных солдат-клонов выявилось пятеро экземпляров с неправильным генотипом. Руководство решает не уничтожать бракованных особей, а объединить их в специальный отряд с кодовым названием «99». Ребята получают задание, связанное с помощью терпящими поражение Биллабу и его ученика Калебу на далекой планете Калер. Успешно завершив миссию, воинам-клонам приходит приказ убить вчерашних союзников. Только разработчики не учли, что эта особенная группа не имеет чипов, делающих их беспрекословно внушаемыми личностями.