Огромная Галактическая Республика страдает из-за сепаратизма. Тысячи планет присоединились к восставшей торговой федерации, состоящей из богачей, способный поставлять на фронт смертоносных дроидов. В качестве ответа канцлер Палпатин тайно создал миллиарды клонов-штурмовиков в генетических лабораториях. Преимущество постоянно переходит от одной фракции к другой. Оби-Ван Кеноби и его бывший падаван по имени Энакин Скайуокер входят в Орден джедаев, защищающих интересы Сената. Они участвуют в разнообразных операциях и даже дипломатических миссиях. Перебежчик граф Дуку стал ситхом и помогает кибернетически усиленному Гривусу, напоминающему четырехрукого андроида и владеющего техникой сражения на световых мечах.
После осады Набу, под удар отщепенцев попадают планеты вроде Рилот или Маридуна. Они разрабатывают высокотехнологичное вооружение вроде ионных пушек для звездолетов, но не гнушаются смертоносными вирусами, опустошающими целые миры. Криминальный авторитет Зиро Хатт представляет особый интерес для Торговой Федерации, потому для его освобождения нанимают высококлассного охотника за головами, которого зовут Кэд Бейн. Последний не просто справляется с задачей, но захватывает группу сенаторов на Корусанте. Энакину с падаваном Асокой Тано приходится отправиться на выручку чиновникам. У Скайуокера тайный роман с Падме Амидалой. Пара даже поженилась, о чем не должны узнать соратники.