Маленький мальчик, получив баночку с четырьмя черепашками, хочет весело играть с питомцами, но малыш не донес бутыль до дома и случайно уронил рептилий в канализационную решетку и не отыскал питомцев. По автомобильной дороге перемещалась машина с опасным грузом. Канистра с химикатами выпала и разбилась, при этом содержимое вылилось прямо на черепах. В этот момент рептилии стали мутантами и обрели неведомые способности, при этом к друзьям присоединялась крыса Сплинтер. Последний обучает героев, дает необходимые знания и тренирует, дабы группа не только превратилась в сильный квартет и постояла за себя в мире, где случаются страшные передряги и поджимают хитрые и бесстрашные враги, стремясь получить личную выгоду или нанести вред, а и поборолась за справедливость, разобравшись со злодеем Шреддером.
Рептилии набираются сил и выявляют, что каждый из них обладает определенным талантом. Теперь Рафаэлю, Донателло, Микеланджело и Леонардо, сплотившись в единую компанию, становятся смелыми и храбрыми ниндзя, желающими поскорее начать новый путь, обезопасить жителей города и друзей от бед и невзгод. Ученики мечтают не подвести Сплинтера и приложат колоссальные усилия, дабы достичь важной цели. Могущественную команду ждет умопомрачительное приключение, запоминающееся жуткой борьбой с коварными злодеями, но герои не привыкли сдаваться и постараются выполнить возложенную миссию.