Японская частная компания «Seele» проводит исследования в Антарктиде в 2000-ом. Руководит дорогостоящим проектом Кацураги, который находит явно внеземное существо, впоследствии получившее название «Первый Ангел» или «Адам» из-за характерный крыльев. Подконтрольные ученые незамедлительно запускают цепочку экспериментов, приводящих к глобальной катастрофе «Второму Удару». Детали скрываются от широкой общественности, а правительство упорно придерживается версии, что в Землю врезался крупный метеорит. Последующие пятнадцать лет человечество борется с измерением климата, вызванным уменьшением наклона оси планеты. Ледники тают, а значительная часть суши уходит под воду.
Вышеописанное провоцирует войны и вымирание массовое людей. Примерно половина из ныне живущих сгинуло по различным причинам от голода, до бомбардировок городов. Однако, настоящий напастью становится полноценное вторжение «Ангелов», без разъяснения причин истребляющих аборигенов. Наследником «Seele» стала корпорация «Gehirn» проектирующая шагающих роботов модельного ряда «Евангелион», основанных на биотехнологиях. Пилотировать подобные машины способны исключительно подростки с определенным генетическим кодом. В 2015-ом Синдзи Икари получает приглашение в Токио-3, подземную часть заново выстроенной столицы Японии. Там родной отец Гэндо руководит производством упомянутых мехов. Мужчина раньше никогда не проявлял особого интереса к наследнику.