Жизнь вполне рядового программиста Томаса Андерсона на первый взгляд ничем не отличается от окружающих. Он трудится в ИТ-компании, исправно платит налоги и даже помогает пожилой соседке выносить мусор. Вот только данный законопослушный налогоплательщик, на самом деле существует двойной жизнью и в среде хакеров известен по ником Нео. Однажды ночью, задремав перед монитором, молодой человек просыпается от появившегося от анонима предложения без тени сомнения следовать за белым кроликом. Приняв это за странную шутку, он открывает дверь даме пришедшей за незаконным софтом и первоначально отклоняет предложение прогуляться до ближайшего бара и отметить сделку.
Вот только на плече у клиентки обнаруживается татуировка забавного длинноухого зверька и Томми идет с ней в указанное заведение. Именно там знакомится он с некоей Тринити, рассказывающей ему совершенно немыслимую историю о Матрице, скрытно поработившей человечество и использующей людей в качестве источника ресурсов. Вскоре с юношей должен связаться тщетно разыскиваемый специальными службами мятежник Морфеус. Проснувшись утром у себя в квартире, герой отправляется на работу, уверенный, что все это ему пригрезилось, однако появление специальных агентов крайне усложняет ситуацию.