Долгое время Томасу Андерсону казалось, что он «Избранный» по имени Нео, которому суждено спасти человечество из «Матрицы», особой программы виртуальной реальности, удерживающей пленников в спящем состоянии. Однако, талантливый Психоаналитик объяснил насколько опасны подобные фантазии для ментального здоровья мужчины. В настоящий момент главный герой регулярно принимает синие таблетки, придерживается строгого расписания и вроде как перестал бредить. По крайней мере попыток спрыгнуть с крыши, он не предпринимает. Томас один из основателей и ведущий программист компании, выпустившей невероятно популярную трилогию видеоигр под названием «Матрица». Причем, сюжет в точности повторяет похождения самого мистера Андерсона из галлюцинаций.
Быт главного героя однообразен, а единственным лучиком света является посещение кофейни неподалеку от офиса, куда заходит Тиффани. Так зовут привлекательную даму, в которую Томас тайно влюблен. Загвоздка в том, что избранница замужем, воспитывает двух малолетних подростков. Пока Нео прибывает в прострации, в реальном мире прошло шесть десятилетий. Необе после гибели Морфеуса наплевала на борьбу с машинами и покинула Зион. Теперь свободные люди не не устраивают диверсии внутри «Матрицы», обитают в закрытой и надежно спрятанной экосистеме, в целом даже процветают. Только у хакерши Багз в голове гуляет шальная мысль отыскать «Избранного» и спровоцировать очередную войну.