Поскольку попытка уничтожить Сару Коннор, мать вождя сопротивления против агрессивных роботов, направляемых могучим искусственным интеллектом Скайнетом, отправившим в прошлое почти непобедимого Терминатора, с треском провалилась, на этот раз на дело посылается в далекий 1995 год модернизированный кибер Т-1000. Он способен переводить себя в жидкое состояние и призван уничтожить самого Джонни, еще подростка, хоть и чрезвычайно смышленого и уже обладающего твердым характером. Поскольку его мать совершила несколько попыток предупредить власти о грядущем восстании машин и апокалипсисе, женщину помещают в психиатрическую лечебницу. Мальчишка же проживает в приемной семье в Лос-Анджелесе.
Своевременно узнав о происходящем в прошлом, на помощь героям присылают «перепрошитого» Терминатора, ставшего положительным героем. В боевых качествах он уступает киберу, однако ухитряется спасти Сару и ее чадо, после чего они бегут в далекую пустынную местность, где у старых приятелей женщина припрятала целый арсенал разнообразного огнестрельного оружия. Теперь героям предстоит отыскать гениального ученого Майкла Дайсона, который в скором будущем должен начать работу над созданием Скайнета. Если его уничтожить, ход истории будет изменен и удастся избежать катастрофы,