С тех пор, как Кристоферу и его дочери Шэрон удалось покинуть мрачный туманный городок Сайлент Хилл, прошло уже шесть лет. Теперь они перемещаются из одного штата в другой, стараясь нигде не задерживаться надолго. Главные герои изменили свои имена, и теперь их зовут Гарри и Хизер. Девушку постоянно мучают кошмары. После ужасных событий шестилетней давности она потеряла память, и отец сказал дочке, что Роуз, ее мать, погибла в автомобильной катастрофе. Неожиданно Гарри исчезает, и Хизер находит на стене подсказку, которая может помочь его разыскать.
Для этого девушке придется вернуться в Сайлент Хилл, где ее ждут ответы на все интересующие вопросы. Однако никто не может гарантировать того, что главным героям удастся без проблем покинуть этот страшный городок, на улицы которого с наступлением сумерек выходит ужасное зло. Хизер предстоит преодолеть много испытаний, чтобы разыскать своего отца, однако ради встречи с ним девушка готова на все.