Пять лет назад первый мегалодон выбрался из Марианской впадины, устроив жуткий переполох. Суровый водолаз Джонас Тейлор один из участников того инцидента, умудрившийся уцелеть. Заодно мужчина удочерил девочку по имени Мэйин, поскольку мать Сюин пала жертвой доисторической акулы. В настоящий момент главный герой трудится на организацию, озабоченную сохранением экологического баланса. Поступают сведения, что на крупном судне перевозятся радиоактивные материалы, с целью выкинуть в мировой океан. Дабы привлечь преступников к ответственности, Джонас тайком проникает на борт, добирается до капитанского мостика и делает снимки соответствующей документации. В этот момент его обнаруживают матросы, кидающиеся на незваного гостя с кулаками.
Отбиваясь от них, мистер Тейлор падает за борт. Это часть экстренного плана отхода, поскольку соратники заблаговременно доплыли на моторной лодке до судна и проводят эвакуацию. Станция под названием «Мана-1» продолжает исследования Марианской впадины, откуда вытащили самку мегалодона «Хайки», отличающуюся умом и сообразительностью. Команда ученых подвергается нападению наемников. Таинственный предатель желает заполучить в собственное распоряжение ресурсы, разведанные на дне и стоящие миллионы долларов. Злоумышленники инициируют серию взрывов, чтобы посеять панику и дать приспешнику возможность выкрасть технологические наработки, а заодно устранить свидетелей.