Лидер клана Ширай Рю, прославленный ниндзя по имени Ханзо Хасаши вместе с женой, сыном и новорожденной дочерью поселился в уединенной местности, посреди густого леса. Когда он уходит за водой, на близких нападают конкуренты из Лин Куэй. Возглавляет отряд новоиспеченный кроимант и палач Би-Хан, лично расправляющийся с домочадцами. Правда, благоверная прячет наследницу в специальном месте, откуда бог грома Райдэн забирает девочку. Хоть Ханзо побеждает приспешников антагониста, в решающей схватке терпит поражение. Душа отправляется в Преисподнюю, превращаясь в «Скорпиона». В наши дни Земля стоит на пороге завоевания со стороны Внешнего Мира.
Согласно установленным правилам, перед полномасштабным вторжением необходимо десять раз кряду побеждать на «Смертельном Турнире». Некромант Шан Цзун поручает «Саб-Зиро» расправиться с потенциальными защитниками человечества. Между тем Коул Янг участвует в сражении по формату «ММА» и терпит поражение. Его настигает криомант лишающий Джексона Бриггса обоих рук и уничтожающего вооруженный до зубов отряд спецназа. Главный герой отправляется на поиски Сони Блейд, способной объяснить что означает родимое пятно в форме дракона. Шан Цзун подсылает «Рептилию» прикончить надоедливого Коула, но маскировку раскрывает наемник Кано. В короткой стычке пришелец терпит сокрушительное поражение от землян. Компания претендентов добирается до храма Райдэна, чтобы раскрыть «аркану».