Два года назад в племени разумных обезьян произошла междоусобица. Коба попробовал восстать против лидера Цезаря и поплатился жизнью. Приспешники предпочли сбежать и сотрудничают с людьми из военной группировки «Альфа-Омега». Хозяева презрительно обзывают приматов «шавками» и используют в качестве разведчиков. Очередная атака на базу главного героя приводит к пленению Красного и еще нескольких перебежчиков. Их доставляют в тщательно замаскированную пещеру, находящуюся под водопадом для допроса. Цезарь пытается вразумить сородичей, объясняя что полномасштабная война между двумя разумными видами была спровоцирована именно человечеством.
Таким образом главный герой выясняет личность командующего «Альфа-Омега», безжалостного полковника Маккаллоу. Попытка отправить некоторых пленников для предложения перемирия проваливается. Попутно Красный совершает побег, покалечив гориллу по имени Зима, вставшую на пути. Поскольку местоположение убежища становится известно противнику, Цезарь уводит последователей в пустыню, в надежде добраться до безопасного региона. Однако, военные выслеживают обезьян и устраивают засаду. Маккаллоу лично расправляется с супругой главного героя и старшим сыном Синеглазом. В сложившихся обстоятельствах Зима предпочитает перейти в стан врага, а речи о примирении уже не идет. Остается разработать план противодействия лучше оснащенному и обученному врагу в лице остатков человечества.