Нейтан Дрейк трудится обычным барменом в питейном заведении и считает себя потомком великого мореплавателя Френсиса Дрейка. Он мечтает о путешествиях и морских походах, и вместе с братом Сэмом любит посещать музеи исторических открытий, рассматривая карты маршрутов знаменитых покорителей морей и океанов. Они считают, что где-то на водной глубине спрятаны огромные клады с драгоценностями, и при желании их можно отыскать. Вскоре Сэм бесследно исчезает, и Нейтан не теряет надежды даже через пятнадцать лет его найти, полагая что братишка жив.
Случайно герою удаётся познакомиться с Виктором Салливаном, утверждающим, что он знает старшего родственника и может помочь напасть на его след, а также ему известны места затопления старинных кораблей. Салли предлагает любознательному парню присоединиться к увлекательному путешествию на неизведанные острова, где, возможно, находятся сокровища Магеллана, и принять участие в поисках пропавшего брата. Главного героя привлекает возможность воплотить в реальность его давнюю мечту, и, заодно, обогатиться и обнаружить место нахождения близкого человека. Парням предстоит испытать множество неожиданных и опасных приключений, познакомиться с неизведанными уголками планеты, увидеть диковинных существ и многому научиться у опытного напарника.