Земля окутана облаком наночастиц, не пропускающих солнечный свет. На поверхности безраздельно правят роботы, использующие миллионы искусственно выращенных людей в качестве источника электроэнергии. Небольшое количество пробужденных прячется в подземном городе Зион, совершая вылазки на территорию противника, а попутно вторгаясь в виртуальную реальность под названием Матрица. Не так давно Морфеус нашел «Избранного» Томаса Андерсона, более известного как «Нео». Очередное совещание высокопоставленных лиц посвящено плохим новостям. Машины активно роют тоннель и в течении пары недель доберутся до последнего оплота сопротивления. Внезапно люди подвергаются атаке Агентов, прошедших через усовершенствование.
Впрочем, главный герой вообще не прилагая усилий расправляется с врагами, чтобы встретить действительно опасного мистера Смита. Он должен был погибнуть, но пошел против системы и приобрел способность самокопирования. Завязывается рукопашная схватка, в ходе которого двойники все прибывают. У «Нео» не остается иного выбора кроме побега. Корабль на воздушной подушке «Навуходоносор» вынужден вернуться в Зион для подзарядки, хотя Морфеус ожидает новых инструкций от Пифии. Непосредственно в городе командер Локк требует у совета максимально сконцентрировать доступные силы и средства, чтобы защитить гражданских. Соответственно, выпустить прибывшее судно из доков нецелесообразно.