Смысл собственной жизни «Снейк Айз» видит в мести за убийство отца. Правда личность преступника установить не удалось, а финансовое положение главного героя оставляет желать лучшего. Потому приходится принимать участие в нелегальных поединках, на которые делают крупные ставки. Среди зрителей находится лидер якудза в Лос-Анджелесе по имени Кента, обращающий внимание на исключительные навыки молодого парня. Он предлагает вступить в группировку, обещая деньги и заманчивые перспективы. Впрочем, у «Снейк Айза» хватает мозгов не впутываться в подобную авантюру. Лишь довод, что самостоятельно отыскать убийцу отца не получиться, заставляет пересмотреть решение. Таким образом главного героя назначают куратором группы, занимающейся контрабандой оружия в Японию.
В банде заводится предатель Томми, который сдружился со «Снейком» и после неудачного заговора приговаривается к смертной казни. В реальности клан Арашикагэ прислал лазутчика Томисабуро, благополучно внедрившегося в лагерь противника. Прикончить последнего главный герой отказывается, а затем даже организовывает побег. Бабушка Сэн очень довольна возвращением внука целым и невредимым. Она принимает чужестранца в закрытую группировку, что вызывает недовольство, хотя претендент прошел через положенные три суровейших испытания. Акико предупреждает, в Арашикагэ к перебежчикам относятся враждебно. Потому юноша будет под пристальным наблюдением.